BioLabs

BioLabs 小组的目标是揭示人类和动物表观遗传调控的机制,并确定这些机制在细胞分化和衰老中的作用。 我们正在为实验数据分析开发新的算法和方法,建立可扩展的计算管道和工具,并与生物学家合作开展各种老化研究。

研究项目

Longitudinal analysis of human aging

衰老与生理功能降低、疾病易感性增加、慢性炎症等过程有关。然而,健康衰老对细胞分子编程的影响尚不清楚。

在与圣路易斯华盛顿大学 Maxim Artyomov 实验室合作的一项联合研究项目中,我们的目标是通过对大规模多组学数据集进行全面的表征和执行系统分析,在所有水平上,从分子到特定器官和机体水平了解人类衰老。这些数据集包括批量和单细胞转录组学、表观基因组学、代谢组学、蛋白质组学、临床血液检测等。最终目标是使用受控良好的纵向数据来检测人类老化的主要驱动因素。

该小组创造了新的方法,并为实验数据分析的所有阶段建立了计算管道。我们在生物信息学、机器学习和软件开发方面的专业知识使我们能够结合构建稳健且可扩展的管道所需的最佳做法。

主要出版物:

  1. Shchukina, I., Bagaitkar, J., Shpynov, O. et al. Enhanced epigenetic
    profiling of classical human monocytes reveals a specific signature of
    healthy aging in the DNA methylome
    . Nat Aging 1, 124–141 (2021).
  2. Mogilenko, D., Shpynov, O. et al. Comprehensive profiling of an aging immune
    system reveals clonal GZMK+ CD8+ T cells as conserved hallmark of
    inflammaging
    . Immunity 54.1 (2021): 99-115.
  3. Arthur, L., Esaulova, E., Mogilenko, D. et al. Cellular and plasma
    proteomic determinants of COVID-19 and non-COVID-19 pulmonary
    diseases relative to healthy aging
    . Nat Aging 1, 535–549 (2021).

软件项目

SPAN Peak Analyzer

一种半监督的多用途峰值调用器,能够处理广泛的 ChIP-seq、ATAC-seq 和单细胞 ATAC-seq 数据集,通过利用有限的人工注释信息稳健地处理多个复制和噪声。

JBR Genome Browser

一款快速可靠的下一代基因组浏览器,具有查看大型会话、半监督峰值和注释功能的增强功能。 它与SPAN峰值分析器集成在一起。

SnakeCharm

Snakemake 工作流管理系统支持 IntelliJ 平台 IDE 的插件,增加了语法高亮、代码完成、即时代码验证以及与 Snakemake 生态系统的高级集成。

Pubtrends

一款能够分析研究领域知识结构或类似论文分析的科学出版物探索工具。 我们应用文献计量学方法获取引文图,应用自然语言处理算法进行文本分析。该服务允许查找被引用最多的论文,探索主题,可视化引文和论文相似度图,并自动生成文献评论。

Fishbone ARM

一种混合数据挖掘算法,用于探索观察性数据集中的隐藏依赖关系。 它结合了关联规则学习技术和信息理论,用于自动构建 Ishikawa 图 - 一种用于数据中复杂模式和规则的可视化方法。

出版物

在此处查看所有出版物。

源代码

所有的源代码和库都可以在 GitHub上获得。

实习生

参与者及其项目的名单

小组成员

Oleg Shpynov
研究实验室责人
Roman Cherniatchik
研究员
Petr Tsurinov
研究员
Daria Khalenyova
研究员