BioLabs

BioLabs 그룹의 목표는 인간과 동물의 후성 유전학적 조절의 기본 메커니즘을 밝히고 세포분화 및 노화에서 이러한 메커니즘의 역할을 확인하는 것입니다. 저희 연구소는 실험 데이터 분석을 위한 새로운 알고리즘과 방법을 개발하고, 확장 가능한 계산 파이프라인과 도구를 빌드하고, 다양한 노화 연구에서 생물학자들과 협력하고 있습니다.

연구 프로젝트

Longitudinal analysis of human aging

노화는 생리 기능 감소, 질병에 대한 취약성 증가, 만성 염증 등과 같은 과정과 관련이 있습니다.그러나 건강한 노화가 세포의 분자 프로그래밍에 미치는 영향은 잘 알려져 있지 않습니다.

세인트루이스에 있는 워싱턴 대학의 Maxim Artyomov 실험실과 공동으로 실시하는 연구 프로젝트에서 우리는 대규모 다중 오믹스 데이터 세트를 포괄적으로 특성화하고이에 관한 시스템 분석을 수행함으로써 분자 수준부터 장기 및 유기체 수준에 이르는 모든 수준에서 인간 노화를 이해하는 데 목표를 두고 있습니다.이러한 데이터 세트에는 벌크 및 단일 세포 전사체학, 후성유전체학, 대사체학, 단백질체학, 임상 혈액 검사 등이 포함됩니다.궁극적인 목표는 잘 제어된 종적 데이터를 사용하여 인간의 주요 노화 요인을 찾아내는 것입니다.

이 그룹은 새로운 방법을 개발하고 실험 데이터 분석의 모든 단계에 이용할 계산 파이프라인을 구축하는 일을 하고 있습니다.생물 정보학, 머신러닝 및 소프트웨어 개발에서 다진 당사의 전문 지식을 통해 강력하고 확장 가능한 파이프라인을 구축하는 데 필요한 최선의 방식을 결합할 수 있습니다.

주요 간행물:

  1. Shchukina, I., Bagaitkar, J., Shpynov, O. 외. 고전적인 인간
    단핵구의 향상된 후생유전학적 프로파일링을 통해
    DNA 메틸롬에서 건강한 노화의 특정 서명을 밝힙니다
    .Nat Aging 1, 124–141 (2021).
  2. Mogilenko, D., Shpynov, O. 외. 노화 면역 시스템의 포괄적인
    프로파일링을 통해 염증의 보존된 특징으로서 클론
    GZMK+ CD8+ T 세포를 밝힙니다
    .Immunity 54.1 (2021): 99-115.
  3. Arthur, L., Esaulova, E., Mogilenko, D. 외. 건강한 노화와
    관련된 COVID-19 및 비 COVID-19 폐 질환의 세포 및
    혈장 단백 결정 인자
    .Nat Aging 1, 535–549 (2021).

소프트웨어 프로젝트

SPAN Peak Analyzer

광범위한 ChIP-seq, ATAC-seq 및 단일 셀 ATAC-seq 데이터 세트를 처리할 수 있는 준감독형 다목적 피크 호출자로, 제한된 수동 어노테이션 정보를 활용하여 다중 복제 및 노이즈를 강력하게 처리합니다.

JBR Genome Browser

대규모 세션, 준감독형 피크 및 어노테이션 기능을 볼 수 있는 향상된 성능을 갖춘 빠르고 안정적인 차세대 게놈 브라우저입니다.SPAN Peak Analyzer와 통합됩니다.

SnakeCharm

IntelliJ 플랫폼 IDE용 Snakemake 워크플로 관리 시스템 지원 플러그인으로, 구문 강조 표시, 코드 완성, 즉석 코드 검증 및 Snakemake 에코시스템과의 고급 통합을 추가합니다.

Pubtrends

연구 분야의 지적 구조를 분석하거나 유사한 논문의 분석을 수행할 수 있는 과학 출판물 탐색 도구입니다.인용 그래프에는 계량서지학적 방법을, 텍스트 분석에는 자연어 처리 알고리즘을 적용합니다.이 서비스를 이용하면 가장 많이 인용된 논문을 찾고, 주제를 탐색하고, 인용 및 논문 유사성 그래프를 시각화하고, 자동화된 문헌 검토를 생성할 수 있습니다.

Fishbone ARM

관찰 데이터 세트에서 숨겨진 종속성을 탐색하기 위한 하이브리드 데이터 마이닝 알고리즘입니다.데이터의 복잡한 패턴과 규칙을 시각화하는 방법인 Ishikawa 다이어그램의 자동화된 구축을 위해 관련 규칙 학습 기술과 정보 이론을 결합합니다.

간행물

여기에서 전체 간행물을 확인하세요.

소스 코드

모든 소스 코드와 라이브러리는 GitHub에서 이용할 수 있습니다.

학생 인턴십

참가자와 해당 프로젝트 목록.

그룹 멤버

Oleg Shpynov
연구소 책임자
Roman Cherniatchik
연구원
Petr Tsurinov
연구원
Daria Khalenyova
연구원